《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。决斗者王国篇一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。战斗城市前篇决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。乃亚篇（动画原创）战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。战斗城市后篇战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。多玛篇（动画原创）战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。海马集团大赛篇（动画原创）多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。王之记忆篇为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。共有224集。

混混出身的楚天阔遭人设计参加赌王大赛夺取黄金面具。比赛中遭人陷害被异族部落公主救下并意外拿到黄金面具线索，谁料寻找面具的各路人马得到消息伺机而动，一场尖峰对决在边境随即拉开帷幕。对决之中，楚天阔也意外知晓了当年父亲的遭遇。为了父亲为了自己身上的使命，楚天阔毅然决然投入到战局之中。

乔家次子乔森在接受“灵气之种”仪式后，点化了“灵植”开发灵术。在此过程中，乔森先后结识家中长老之女药师田碧瑶，黑龙会年轻杀手霍冰漓，风家大小姐风舞扬。同时，乔森收集灵石，打通灵脉，拓展更多灵植，展现出过人的潜质，并成为剑山城六扇门巡捕。在共同经历生死后，乔森与田碧瑶互通秘密，帮助冰漓重见身世脱离黑龙会，引起风舞扬的注意。他为此多次与黑龙会杀手交手，并见识过邪极宗等大派哪怕是低阶弟子的飞扬跋扈。乔森以隐秘巡捕身份，快速积累灵石，提升修炼速度，点化更多的灵植。此时，乔森所表现出来的资质引起了神秘势力的关注。金刚寺僧人上门，真武教道人邀请，大黑天、血刀门等邪派人士也纷纷找来。乔森随后得知黑色灵种与上古失落大派“上清”，且邪道势力黑龙会想要得到至宝，称霸天下。在追查线索中，乔森与冰漓多次并肩作战，由敌人转为朋友直到恋人。同时，乔森感觉到如姐姐般照顾他的田碧瑶其实也暗生情愫。为此，三人共同踏入阻止黑龙会得到上清仙门遗迹，称霸天下的征途中。

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震惊！懵懂少年在祖坟偶遇修仙大姐姐，身上的怪病竟然奇迹般消失了，还正式踏上了修仙之路。嗯？……30天内必须要结成道侣，否则就会死？

林玄穿越到修仙世界，获得了英俊的相貌并身负元婴修为，本以为定能获得青睐，谁知在这里元婴修为不如狗，化神修士满街走。就在他被无比嫌弃之时，颜值举世无双实力深不可测的宗门长老李又晴出现将其收入门下，引起众人惊叹。林玄坚定的抱紧师父这条大腿，以远超常人的速度飞速成长，打脸了一众鄙视自己的人。随着林玄的境界逐渐提升，这个看似普通的修仙世界的更多秘密也展现在他的面前，师父李又晴也有着另外一个不为人知的身份。

帅气又毒舌的“失恋抚慰师”楚然因一场意外，穿越到一个强者为尊的修仙世界，并进入瑶山门开始修仙生涯。凭借自己穿越带来的科学知识和系统提供的现代武器，楚然在这个世界开始了冒险之旅，面对强者们的挑衅与压迫，他势必要推翻一切，彻底改变这个世界！

云青岩凭借仙帝手段，镇压了一个又一个敌人，化解了一次又一次的危机。当他有一天，回首过去的时候，他已经站在了天元王朝的巅峰。此时的云青岩，眼中看到的，早已不是小小的天元王朝，而是那浩瀚无垠的星辰大海，于是他义无反顾的向更广阔的大陆进发！

行到水穷处，坐看云起时。雷家堡一战后，雷家家主战死，剑仙陨落，萧瑟强行使用内力导致自身生命垂危。为挽救萧瑟，众人踏向神秘的海外仙山，只为寻找那传说之中的仙人。而与此同时的朝堂与江湖之争，仍在继续。

仙剑官方早有透露幻璃镜将会有一部同名动画，并非简短的宣传影片，而是动画剧集。这部同名动画剧集又再次意外采用与游戏不同的剧情线作为剧本，使体验过游戏的玩家也会有新鲜体验。本次动画化同时也填补了仙剑史上“动画”这一页的空白。